První dochovaná zmínka městě pochází z roku 1295, kdy papež Bonifác VIII. potvrdil zdejší klášter cyriaků a kostel sv. Bartoloměje. Prvním vlastníkem Pardubic byl na začátku 14. století Púta z Dubé. Městem se staly kolem roku 1340. Kolem roku 1325 vyměnili jeho synové Pardubice s rytířem Arnoštem z Hostýně. Jeho syn Arnošt z Pardubic patří k významným postavám naší historie, stal se prvním pražským arcibiskupem. Od této doby je budování města spjato s rodem pánů z Pardubic, kteří měli ve svém znaku přední polovinu bílého koně se zlatou uzdou na červeném štítu. Kůň je v heraldice symbolem síly, vytrvalosti, nebojácnosti, moudrosti.
O další středověký rozkvět města se zasloužil rod pánů z Pernštejna. Vilém město i s okolním panstvím koupil koncem 15. století. Zasloužil se o přestavbu tamního vodního hradu na pozdně gotickou rezidenci. Jeho synové Vojtěch a Jan pokračovali v přestavbě rezidence v renesančním duchu. V současné době slouží zámek jako sídlo Východočeské galerie a Východočeského muzea.
Vilém z Pernštejna rozhodl o vybudování města v jednotném stylu, rozhodl rovněž o půdorysu města jako takového. Pernštejnům vděčíme celé historické městské jádro, které je od roku 1964 městskou památkovou rezervací.
Význam Pardubic začal upadat po roce 1560, kdy se celé panství stalo majetkem královské komory. K dalšímu rozkvětu města dochází po dlouhých staletích až s rozvojem železnice, jejímž hlavním projektantem byl pardubický občan Jan Perner. Původní železniční trasa z Pardubic do Olomouce z roku 1845 se začala záhy rozrůstat. Rozvoj železniční dopravy přivedl do města podnikatele, čímž dochází k rozvoji průmyslu a opětovnému rozkvětu města.
Nelze opomenout ani přelety Jana Kašpara, jednoho z významných průkopníků letectví v Čechách jenž v roce 1911 uskutečnil první dálkový let z Pardubic. Vzdálenost 121 km na svém stroji Blériot XI překonal inženýr Kašpar za 92 minut. Tento slavný letoun je dodnes k vidění v Národním technickém muzeu v Praze.
