Pardubice jsou i městem průmyslovým. Nejvíce rozvinutým průmyslem je průmysl chemický, který zde má dlouholetou tradici. Známé jsou především dvě firmy a to továrna Synthesia a Paramo Pardubice.
V roce 1920 byla v Semtíně založena Československá akciová továrna na látky výbušné. Roku 1928 vznikla sesterská společnost Synthesia a v roce 1934 byl podnik přejmenován na Explosia a.s. Závod byl ještě několikrát přejmenován. Největšího rozmachu závod dosáhl v 50. a 60. letech 20. století.
Dnes Synthesia a. s. patří mezi největší české výrobce pigmentů, celulózy a barviv a jiných organických sloučenin. Syntézia stále patří mezi největší zaměstnavatele ve městě, pracuje zde zhuba 2300 osob. Explosia a. s. se zabývá výrobou v oblasti trhavin a střeliva . Explosia je i významným exportérem, především do zemí EU. Koncem padesátých let zde byla vyvinuta plastická trhavina známá pod názvem Semtex.
Paramo - Pardubická rafinérie minerálních olejů- patřila mezi přední české rafinérie Založil ji vídeňský obchodník s petrolejem David Fanto. Továrna vyráběla paliva, maziva, asfalty a asfaltové výrobky. Společnost se dynamicky vyvíjela a prosperovala až do roku 2012, kdy bylo Paramo největším petrochemickým závodem u nás. Bohužel roku 2012 rozhodlo hlavní akcionář poslý PKN Orlan o utlumení výroby, dochází k propouštění zaměstnanců a budoucnost továrny je značně nejistá.
Rovněž elektrotechnický průmysl má v Pardubicích velkou tradici. Z pardubického závodu Tesla pocházely pasivní radary Tamara. Po revoluci došlo k rozpadu továrny a byla roku 1994 založena Era a.s., která vyvinula další generaci pasivního radiolokátoru Věra. ERA vyrábí a dodává radiolokační systémy pro řízení letového provozu a sledování pohybu letadel. S jejími výrobky se můžeme setkat na letištích všech kontinentů. V pobočce Tesly Přelouč v Pardubicích se celou řadu let vyráběly proslulé kotoučové magnetofony.
V současné době v Pardubicích sídlí i významná thajwanská firma Foxconn vyrábějící spotřební elektroniku a součásti osobních počítačů.
Za zmínku stojí i továrna společnosti Panasonic, která byla byla v Pardubicích otevřena roku 2001. Firma vyrábí audiosystémy do automobilů a zaměstnává okolo 1000 zaměstnaců.
Letitou tradici má v Pardubicích i potravinářský průmysl. Pardubice jsou právem nazývány městem perníku. Perník se zde vyrábí už od 16 stol. Dle zde sídlí i továrna na výrobu kávovinových náhražek.
Historicky je s Pardubicemi spojena také výroba piva. Výroba piva zde začíná již ve 14. století. Největší rozvoj pivovarnictví nastal v 15. a 16. století za vlády Viléma z Pernštejna. Současný pardubický pivovar Pernštejn vyrábí celou řadu piv. Za zmínku stojí např. speciální 19% tmavé pivo Porter.
