Knihy

  • Nedoma, J., Stehlík, J., Hlaváček, I., Daněk, J., Dostálová, T., Přečková, P.: Mathematical and Computational Methods in Biomechanics of Human Skeletal Systems. An Introduction. Wiley Series in Bioinformatics, 592 pages, John Wiley & Sons, Hoboken, New Jersey 2011, doi: 10.1002/9781118006474 (ISBN: 978-0-470-40824-7, Online ISBN: 9781118006474).
    • Publikace v časopisech a sbornících

  • Daněk, J., Pospíšil, J.: Challenges in automatic differentiation and numerical integration in physics-informed neural networks modelling. International Journal for Numerical Methods in Engineering, 126(20), e70148 (2025), DOI: 10.1002/nme.70148 .

  • Daněk, J., Pospíšil, J.: How Generative AI Autonomous Agents shape the current business trends and smart learning. Trendy v podnikání - Business Trends (2024), 14(2), pp. 35-46, 2024, (DOI: 10.24132/jbt.2024.14.2.35_46.

  • Daněk, J., Pospíšil, J.: Numerical aspects of integration in semi-closed option pricing formulas for stochastic volatility jump diffusion models. International Journal of Computer Mathematic 97:6, pp. 1268-1292, Taylor & Francis 2020, (DOI: 10.1080/00207160.2019.1614174, ISSN: 0020-7160 Print, 1029-0265 Online).

  • Daněk, J., Pospíšil, J.: Pitfalls of numerical integration in stochastic volatility models. Centre de Recerca Matematica, Barcelona, Španělsko 2016.

  • Daněk, J., Pospíšil, J.: Numerical integration of inaccurately evaluated functions. In 23rd Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2015, Praha, Czech Republic 2015, (ISBN: 978-80-7080-936-5).

  • Daněk, J., Dostálová, T., Hubáček, M., Mahdian, N.: Stress-strain analyses of the jaws with multiple keratocysts before and after surgery. Proceedings IWBBIO'2014, pp. 1266-1277, Granada, Španělsko 2014, (ISBN 978-84-15814-84-9).

  • Daněk, J., Dostálová, T., Hubáček, M., Mahdian, N., Nedoma, J.: Modeling of the Stress Distribution in Temporomandibular Joint with Subtotal Replacement. In Kim, H.K.; Ao, S.-I.; Amouzegar, M.A.; Rieger, B.B. (Eds.): IAENG Transactions on Engineering Technologies, Lecture Notes in Electrical Engineering, Vol. 247, Springer 2014, (doi: 10.1007/978-94-007-6818-5_25, ISBN: 978-94-007-6817-8).

  • Mahdian, N., Dostálová, T., Daněk, J., Nedoma, J., Kohout, J., Hubáček, M., Hliňáková, P..: 3D reconstruction of TMJ after resection of the cyst and the stress-strain analyses. Computer Methods and Programs in Biomedicine 110/3 2013, pp. 279-289, http://dx.doi.org/10.1016/j.cmpb.2012.12.001.

  • Daněk, J., Dostálová, T., Hubáček, M., Mahdian, N., Nedoma, J.: Stress-strain Analysis of the Temporomandibular Joint with Subtotal Prosthesis. WCECS'2012, Lecture Notes in Engineering and Computer Science, pp. 150-155, IAENG, San Francisco, USA 2012, (ISBN 978-988-19251-6-9, ISSN 2078-0958).

  • Feltlová, E., Dostálová, T., Kašparová, M., Daněk, J., Hliňáková, P., Hubáček, M., Nedoma, J.: Temporomandibular Joint Prosthesis 3D-CT Reconstruction before and after Treatment European Journal for Biomedical Informatics, Volume 6, Issue 1, EuroMISE 2010, (ISSN 1801-5603).

  • Daněk, J., Hliňáková, P., Přečková, P., Dostálová, T., Nedoma, J., Nagy, M.: Modelling of the temporomandibular joints and the role of medical informatics in stomatology. ICCSA'2010, Part IV, Lecture Notes in Computer Science 6019, pp. 62-71, Springer Vlg., Berlin, Heidelberg 2010, (ISSN 0302-9743).

  • Daněk, J., Rohan, E.: Computational Biomechanics and Biology, a collection of papers presented at the 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007. J. Mathematics and Computers in Simulation 80/6, pp. 1221-1344, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2010, (ISSN 0378-4754).

  • Hliňáková, P., Dostálová, T., Daněk, J., Nedoma, J., Hlaváček, I.: Temporomandibular joint and its two-dimensional and three-dimensional modelling. J. Mathematics and Computers in Simulation 80/6, pp. 1256-1268, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2010, (ISSN 0378-4754).

  • Daněk, J., Kutáková, H.: The mortar finite element method in 2D: Implementation in MATLAB. In 16th Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2008, Praha, Czech Republic 2008.

  • Svatoň, T., Brandner, M., Daněk, J.: The sensitivity of non-linear elliptic equation solutions on boundary conditions. In 16th Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2008, Praha, Czech Republic 2008.

  • Nedoma, J., Daněk, J.: Time-space FE-PDAS method for dynamic unilateral contact problem in viscoelasticity. ICCSA'2008, Lecture Notes in Computer Science 5073, pp. 707-719, Springer Vlg., Berlin, Heidelberg 2008, (ISBN: 3-540-69840-X, ISSN: 0302-9743).

  • Kutáková, H., Daněk, J.: Mortar metoda konečných prvků pro lineární eliptické úlohy ve 2D. Sborník Studentské vědecké konference FAV. ZČU Plzeň 2008.

  • Hliňáková, P., Dostálová, T., Daněk, J., Nedoma, J.: Temporomandibulární kloub a jeho 2D a 3D modely. Praktické zubní lékařství, roč. 56, č. 1, s. 3-7 2008, (ISSN: 1213-0613).

  • Svatoň, T., Nardinocchi, P., Daněk, J.: Analysis of the Passive Deformation Processes of an Elastic Fibre-Reinforced Tube. In Conference Proceedings of The 1st Young Researchers Conference on Applied Sciences - YRCAS 2007. Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-574-8).

  • Daněk, J.: Numerical analysis of the total knee joint replacement - modelling in COMSOL. In 15th Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2007, Praha, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7080-658-6).

  • Daněk, J., Strnad, T., Řehoř, J.: Využití MATLABu pro optimalizaci záběru nástroje při frézování. In 15th Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2007, Praha, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7080-658-6).

  • Daněk, J., Stehlík, J., Vavřík, P., Nedoma, J., Hlaváček, I., Denk, F.: Stress-strain analyses of the variably weight-bearing knee replacements in connection with the different position of the femoral part of TKP. The 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007, Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-607-3).

  • Nedoma, J., Daněk, J.: Dynamic and quasi-static simulations of the function of knee joint and its artificial replacements in 2D and 3D. The 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007, Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-607-3).

  • Lanzendorfer, M., Daněk, J., Nedoma, J., Denk, F.: Numerical simulation of the weight-bearing total knee replacements based on the manufacture's CAD geometry. The 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007, Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-607-3).

  • Tomášek, L., Daněk, J., Stehlík, J., Nedoma, J.: Numerical analysis of the long bone with the marrow. The 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007, Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-607-3).

  • Hliňáková, P., Veličová, K., Dostálová, T., Daněk, J., Nedoma, J., Denk, F., Lanzendorfer, M., Hlaváček, I.: Temporomandibular joint numerical reconstruction - healthy joint analysis. The 1st IMACS International Conference on Computational Biomechanics and Biology ICCBB 2007, Plzeň, Czech Republic 2007, (ISBN: 978-80-7043-607-3).

  • Daněk, J., Brandner, M., Nedoma, J.: Mathematical Modelling and Computational Methods in Applied Sciences and Engineering - MODELLING'2005, J. Mathematics and Computers in Simulation 76/1-3, pp. 1-248, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2007, (ISSN 0378-4754).

  • Daněk, J., Nedoma, J., Hlaváček, I., Vavřík, P., Denk, F.: Numerical Modelling of the Weight-Bearing Total Knee Joint Replacement and Usage in Practice. MODELLING'2005, J. Mathematics and Computers in Simulation 76/1, pp. 49-56, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2007, (ISSN 0378-4754).

  • Daněk, J.: The aspects of mathematical modelling of weight-bearing human joints. In 6th International Conference Proceedings of Aplimat 2007, STU Bratislava, Slovenská republika 2007, (ISBN: 978-80-969562-8-9).

  • Stehlík, J., Vavřík, P., Daněk, J., Nedoma, J., Hlaváček, I., Denk, F.: Numerical modelling of knee joint and its replacement. Human Biomechanics 2006, Hrotovice, Czech Republic 2006, (ISBN: 80-214-3232-2).

  • Daněk, J.: Mathematical modelling of human limb in Matlab. The International Conference Technical Computing Prague 2006, Praha, Česká republika 2006, (ISBN: 80-7080-616-8).

  • Nejedlý, J., Daněk, J.: Using Matlab and MIT's MatlabMPI Toolbox for the Creation of The Multi Dimensional Fractals. The International Conference Technical Computing Prague 2006, Praha, Česká republika 2006, (ISBN: 80-7080-616-8).

  • Daněk, J.: Výuka numerické matematiky s užitím počítačové učebny. In 5th International Conference Proceedings of Aplimat 2006, pp. 309-314, STU Bratislava, Slovenská republika 2006, (ISBN: 80-967305-6-8).

  • Hlaváček, I., Nedoma, J., Daněk, J.: Worst Scenario and Domain Decomposition Methods in Geomechanics. Future Generation Computer Systems 22/4, Special section: Numerical modelling in geomechanics and geodynamics, pp. 468-483, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2006.

  • Daněk, J.: Application of Domain Decomposition Method to Problems in Biomechanics. Lecture Notes of IMAMM'2003, Proceedings of the Industrial Mathematics and Mathematical Modelling, Rožnov pod Radhoštěm 2005, (ISBN 80-248-0825-0).

  • Daněk, J.: Use of MATLAB for domain decomposition method for contact problems in elasticity. In 13th Annual Conference Proceedings of Technical Computing Prague 2005, Praha, Humusoft, 2005, (ISBN: 80-7080-577-3).

  • Daněk, J., Stehlík, J., Vavřík, P., Nedoma, J., Hlaváček, I., Denk, F.: On the Effect of Axial Angle Changes on the Weight-Bearing Total Knee Replacements. In: Proc. of the 17th IMACS Congress, Session Mathematical Biomechanics, Paris, 2005, (ISBN: 2-915913-02-1).

  • Vavřík, P., Denk, F., Nedoma, J., Daněk, J., Hlaváček, I.: Numerical Analysis of the Weight-Bearing Total Knee Joint Replacement. Realization in Practice - WALTER UNIVERSAL (WU) and WALTER MODULAR (WM). In: Proc. of the 17th IMACS Congress, Session Mathematical Biomechanics, Paris, 2005, (ISBN: 2-915913-02-1).

  • Daněk, J., Hlaváček, I., Nedoma, J.: Domain decomposition for generalized unilateral semi-coercive contact problem with given friction in elasticity. Mathematics and Computers in Simulation 68/3, pp. 271-300, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2005, (ISSN: 0378-4754).

  • Daněk, J., Denk, F., Hlaváček, I., Nedoma, J., Stehlík, J., Vavřík, P.: Stress-strain distribution in the knee joint after the implantation of total replacement in a connection on the axial deviations. Sborník konference "Biomechanics of Man 2004", ZČU Plzeň 2004,

  • Daněk, J.: Using domain decomposition method for the stress-strain analysis of the artificial joint replacements. Sborník konference "Programy a algoritmy numerické matematiky", PANM 12, MÚ AV ČR, Dolní Maxov 2004, (ISBN 80-85823-53-5).

  • Daněk, J.: Využití Matlabu pro výuku numerické matematiky. Sborník konference MATLAB'2004. díl 1., pp. , Praha 2004, (ISBN 80-7080-550-1).

  • Daněk, J., Denk, F., Hlaváček, I., Nedoma, J., Stehlík, J., Vavřík, P.: On the stress-strain analysis of the knee replacement. ICCSA'2004, Lecture Notes in Computer Science 3044, pp. 456-466 Springer Vlg., Berlin, Heidelberg 2004, (ISBN: 3-540-22056-9, ISSN: 0302-9743).

  • Daněk, J.: Using Matlab for solving contact problem in elasticity. Sborník konference MATLAB'2003, díl I., pp. 94-99, Praha 2003. (ISBN 80-7080-526-9).

  • Nedoma, J., Hlaváček, I., Daněk, J., Vavřík, P., Stehlík, J., Denk, F.: Some recent results on a domain decomposition method in biomechanics of human joints. ICCSA'2003, Lecture Notes in Computer Science 2667, pp. 587-600, Springer Vlg.,Berlin, Heidelberg 2003, (ISBN: 3-540-40155-5, ISSN: 0302-9743).

  • Daněk, J.: Domain decomposition algorithm for solving contact of elastic bodies. In: Sloot P.M.A. et al. (Eds), ICCS'2002, Lecture Notes in Computer Science 2331, pp. 820-829, Springer Vlg.,Berlin, Heidelberg 2002, (ISBN: 3-540-43594-8, ISSN: 0302-9743).

  • Daněk, J.: Domain decomposition method for contact problems with small range contact. MODELLING'2001, J. Mathematics and Computers in Simulation, vol. 61, issue 3-6, pp. 359-373, Elsevier Science Ltd., North-Holland 2003, (ISSN: 0378-4754).

  • Daněk, J.: Paralelní programování s využitím knihoven MPE. Sborník konference "Programy a algoritmy numerické matematiky", PANM 10, MÚ AV ČR, Lázně Libverda 2000.

  • Daněk, J.: Using MPI in parallel programming. Sborník konference IMAMM, Nečtiny 1999.

  • Daněk, J.: Smíšené variační přístupy. Sborník konference MOSD, ZČU Plzeň, Pernink 1998.

  • Daněk, J.: Smíšená metoda konečných prvků pro nelineární eliptické problémy. Sborník konference "Programy a algoritmy numerické matematiky", PANM 9, MÚ AV ČR, Kořenov 1998.

  • Daněk, J.: Metody sedlového bodu pro hybridní a duální variační principy. Sborník konference "Programy a algoritmy numerické matematiky", PANM 8, MÚ AV ČR, Janov 1996.


    • Výzkumné zprávy, preprinty a jiné

  • Daněk, J.: Porovnání výsledků srovnávacích testů z matematiky v 1. ročníku Střední průmyslové školy stavební v Plzni v letech 2022/23 a 2023/24. Plzeň, 2024.

  • Daněk, J.: On the application of the mortar finite element method for linear elliptic problem. Technical report No. TR 1030, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2008.

  • Tomášek, L., Daněk, J.: Numerical Analysis of the Long Bone with the Marrow. Technical report No. TR 1013, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2007.

  • Lanzendorfer, M., Daněk, J.: Aplikace FEC v biomechanice kolenního kloubu. Technical report No. TR 1006, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2007.

  • Daněk, J.: Výsledky numerického modelování zatížené keramické náhrady kolenního kloubu. Technical report No. TR 990, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2007.

  • Daněk, J., Stehlík, J., Nedoma, J., Hlaváček, I.: Výsledky numerického modelování zatíženého kolenního kloubu a jeho náhrady s uvažováním kloubního pouzdra. Technical report No. TR 983, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2006.

  • Daněk, J.: Problematika přípravy 3D sítě pro metodu konečných prvků s využitím medicínských obrazových dat a následné možné způsoby vizualizace výsledků. Technical report No. TR 982, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2006.

  • Stehlík, J., Vavřík, P., Nedoma, J., Daněk, J., Hlaváček, I., Denk, F.: Analysis of axial angle changes on the weight-bearing total knee replacements. Technical report No. TR 959, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2006.

  • Stehlík, J., Vavřík, P., Daněk, J., Nedoma, J., Hlaváček, I., Denk, F.: Biomechanical analysis of the effect of axial angle changes on the weight-bearing total knee replacements. Technical report No. TR 958, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2006.

  • Nedoma, J., Hlaváček, I., Daněk, J., Lanzendorfer, M.: Matematické modely umělých náhrad kloubů ve vazbě na navigované operační techniky s využitím CT a MRI. II. Algoritmy umožňující numerickou analýzu umělých náhrad kloubů ve vazbě na CT, MRI a navigovanou operační techniku Technical report No. TR 951, Ústav informatiky AV ČR, Praha, 2005.


    • Skripta a výukové programy

  • Daněk, J.: Numerické metody - NM, Výukový text. ZČU Plzeň 2026.  [PDF]

  • Daněk, J.: Matematika 2 - M2E, Výukový text. ZČU Plzeň 2025.  [PDF]

  • Daněk, J.: Úvod do matematických výpočtů, Výukový text. ZČU Plzeň 2024.  [PDF]

  • Daněk, J.: Seminář numerických metod pro učitele, Výukový text. ZČU Plzeň 2024.  [PDF]

  • Daněk, J.: Úvod do matematických výpočtů, Výukový program. ZČU Plzeň 2008, 2025 (update).

          

  • Daněk, J.: Software numerických metod, Výukový program. ZČU Plzeň 2004, 2025 (update).

          


    • Diplomová práce

  • Daněk, J.: Úlohy sedlového bodu v Hilbertových prostorech a jejich numerické modely. Diplomová práce, ZČU Plzeň 1995.


    • Dizertační práce

  • Daněk, J.: Řešení jednostranného kontaktu malého rozsahu pružných těles ve 2D na paralelních počítačích. Dizertační práce, ZČU Plzeň 2001.


    • Habilitační práce

  • Daněk, J.: Aplikace kontaktního problému v úlohách biomechaniky a geomechaniky. Habilitační práce, ZČU Plzeň 2008.  [PDF]